За основу дворца школьников в Туркестане была взята традиционная пространственная структура медресе и переосмыслена в современной интерпретации. Традиционно большинство казахских детей имели возможность учиться только в аульных медресе. Медресе́ — учебное заведение, выполняющее функцию средней общеобразовательной школы и мусульманской духовной семинарии. Здание медресе имело характерную планировочную структуру: внутренний двор в центре, по периметру которого располагались жилые и учебные помещения. Многосветный атриум — центральное пространство, связывающее все части дворца школьников. Это многослойное, наполненное светом, визуально связанное пространство, провоцирующее детей к общению и исследованию.

Прообразом для объемно-планировочной структуры послужила уникальная природа Южного Казахстана. В плане это ячеистая структура туркестанской дыни и хлопка. Подобная структура позволяет сделать каждое помещение дворца уникальным, что дает максимальную свободу в использовании помещений, раскрывает сознание детей. Образным прототипом для дворца школьников послужил уникальный ландшафт Чарынского каньона – одного из красивейших мест в Казахстане. Разновысокие вертикальные объемы позволяют создать уникальный силуэт здания, наполнить кабинеты как верхним так и дополнительным боковым светом.